企业实施股份合作制改造具有营利性和互助性相结合，资本联合和劳动联合的特点，因此，股份合作制成为集体企业和城市国有小型企业改革的重要形式。企业股份合作制改造包括职工买断式股份合作制改造、企业与职工共建式股份合作制改造和增资扩股式股份合作制改造。一般而言，企业股份合作制改造一般遵循如下程序：
　　一、拟定改制方案。
　　企业进行股份合作制改造，应当拟定初步改制的方案。改制方案应当对改制采取的形式进行初步的预定。企业应当根据企业的实际情况，拟定采取职工买断式股份合作制改造、企业与职工共建式股份合作制改造，或者是增资扩股式股份合作制改造。
　　二、取得职工代表大会同意。
　　企业实施股份合作制改造，应当取得职工代表大会的同意。对于国有小型企业的股份合作制改造，没有取得职工代表大会同意进行股份合作制改造的，应当根据案件的具体情况，对改制行为的效力进行综合判定（买断式企业股份合作制改造不存在此情形）。对于集体企业的股份合作制改造，必须取得职工代表大会的同意，否则改制行为无效。
　　三、取得出资人和上级主管部门的同意。
　　对于国有小型企业和须经审批程序的集体企业的股份合作制改造，要取得出资人的同意，未经出资人和上级主管部门同意的，企业不得进行股份合作制改造。对于直接设立股份合作制企业的，则没有上述要求。
　　四、政府指定部门审批。
　　企业股份合作制改造必须经过政府指定部门审批，未经指定部门审批的，不得进行改制。对于直接设立股份合作制企业的，则没有上述要求。
　　五、清产核资和财务审计。
　　企业清产核资按照国家有关的规定进行，同时应当有职工出资人和职工代表参加。
　　一般而言，集体企业应当按照有关规定实施清产核资工作，国有其清产核资工作应当按照《关于规范国有企业改制工作的意见》进行。清产核资工作要求改制企业必须对企业的各类资产、负债进行全面清查，做到账、卡、物、现今等齐全、准确、一致。要按照“谁投资、谁所有、谁受益”的原则，核实和界定产权。对于集体企业的清产核资，要防止属于国有资产部分财产的流失；对于国有企业，还要实施财务审计工作，企业经股份合作制改造成为非国有企业的，必须按照国家有关规定对企业的法定代表人进行离任审计。
　　六、产权界定和资产评估。
　　企业采取股份合作制改造形式进行改制的，必须按照《国有资产评估管理办法》和《关于发展城市股份合作制企业的指导意见》的规定，实施产权界定和资产评估，以防止国有资产流失。
　　产权界定。按照谁投资谁享有产权的原则，搞好原有企业产权的界定工作。国家、法人单位等出资人在企业中的投资及投资收益所形成的所有者权益归出资人所有。企业原有奖金节余、工资储备基金，可以折成个人股投入企业，也可以用于企业改制前的个人补充养老保险及医疗保险。
　　非经营性资产的剥离。原有企业非经营性资产可以进行剥离，独立运作或者委托改制后的企业代管，减轻企业的负担。经政府批准，可以采取多种途径，解决企业改制前离退休人员养老统筹和医疗费用不足等问题。在非经营性资产进行剥离的过程中，不得抽逃资产。
　　资产评估。资产评估的范围包括固定资产、流动资产、无形资产和其他资产。对于国有企业改制或者企业财产中涉及国有资产的集体企业改制，改制企业应当向国有资产管理行政主管部门申请评估立项，由国有资产管理行政主管部门进行审核。如果国有资产行政主管部门准予评估立项的，申请单位应当委托资产评估机构进行评估。按照现行法规及其政策的规定，持有国务院或者省、自治区、直辖市人民政府国有资产评估资格证书的资产评估公司、会计师事务所、审计事务所、财务咨询公司，以及经国务院或者省、自治区、直辖市人民政府国有资产管理行政主管部门认可临时评估机构，可以从事国有资产的评估工作，被兼并企业应当委托上述单位进行资产评估，对于委托不属于上述机构进行资产评估的，不予认可。对改制成为非国有企业的，由直接持有该国有产权的单位决定聘请具备资格的资产评估事务所对资产进行评估。集体企业还可以委托具有上述资格的权威性评估机构进行资产评估。资产评估机构接受委托进行资产的评定和估算后，要向委托单位提出资产评估结果报告书。对于属于国有企业的委托单位，委托单位将资产评估报告书报其主管部门审查，主管部门审查同意后，报同级国有资产管理行政主管部门确认资产评估结果。经过确认的资产评估结果，国有资产管理行政主管部门应当下达确认通知书。没有进行资产评估而签订出售协议的，应当认定协议无效。对于属于集体企业的委托单位，资产评估结果也要经过出资人认可和有关部门的确认。