1978年以来，中国的减税让利和市场化改革使大部分的国有企业摆脱了严格的计划控制，90年代政府又推行了股份制，建立现代市场制度的试验，国有企业经历了一个不断深化的过程。然而，由于国有企业的许多传统的体制弊端并未得到根除，使得国有企业特别是形式上已经规范的国有上市公司身上又出现了一系列的新问题。因而，有关上市公司治理结构问题的探讨将有助于解决这些新的问题，有助于国有企业的改革和现代企业制度的建立。
一． 上市公司治理结构面临的问题
（一） 国有股和国有法人股控制下的股权结构
我国的上市公司中，绝大部分是由国有企业改造而成的。其中国有股或国有法人股为公司的第一大股东的上市公司占到上市公司总数的95%左右。在整个上市公司的股权结构中，国有股和国有法人股则占绝对控股地位。据有关资料显示，截止1999年10月底，这些上市公司的总股本为2800亿，其中国有股和国有法人股为1900亿，占67.5%。
这样的国有股和国有法人股控制下的股权结构虽然保证了国有股的控制地位，但是，也体现了政府对股市的垄断，体现了政府在证券市场上的最大利益主体地位。而这种情况是明显有悖于市场经济的基本原则的，它决定了我国公司治理结构基础的不合理。
许多学者认为这种结构是我国国有企业治理效率低下的根源。因为：
在市场经济中，作为竞争组织的企业是以追求股东价值的最大化为目标和动力的，但如果公司的股东构成主要是政府，将出现企业目标冲突的现象，因为对于政府而言，它的目标是多元的，如稳定物价、减少失业、收支平衡和保护环境等。而政府对这些目标的追求将不可避免的影响企业股东价值的最大化，将导致企业的许多非市场化行为。然而，在激烈的竞争中，企业的首要目标必须是也只能是公司效益的最大化，否则它将不能有效的生存下去。
因此，在国有股和国有法人股控制下的股权结构这一基础上探讨改善公司治理结构问题，是难以得出合理的结论的。
（二） 内部人控制下的法人治理结构
内部人控制指的是公司的决策权已不再掌握在企业的所有者（股东）手中，而是掌握在公司的管理人员手中，表现为公司的决策机构董事会的主要构成已不再是股东，而是管理人员。
目前，在国有上市公司中，除了极个别的独立董事和外部董事外，董事会和监视会的几乎所有成员均由原国有企业的管理人员出任。而这一现象又显示出我国公司治理结构内部主体的不合理。
要了解内部人控制下的法人治理结构的不合理，首先应该提到经济学中的代理理论。代理理论认为虽然公司层阶组织在市场失灵的时候能够有效的组织交易活动，但在组织中行使权力也是要发生成本的。而其中最主要的成本就是人们常说的代理成本。代理成本主要包括由于代理人（典型的如公司的管理者）按照自我利益行事而发生的生产成本和为了减少这种行为对委托人（典型的公司所有者）造成的损失而制定、监督和实施规章制度所产生的控制成本。而一旦形成了内部人控制的情况，就将大大提高代理成本，产生侵害委托人利益的代理人行为。
另外，国有企业包括国有上市公司中普遍的“所有人缺位”状况也导致了内部人控制的形成。这些企业由于将“政企分开”狭隘的理解成只是政企职责分开，造成了“所有人缺位”，即政府作为企业的所有者却把那些本该由所有者掌握的企业的重大经营决策权，几乎全部交给了企业的管理人员，从而不可避免的形成了内部人控制。而这种现象产生不仅仅可能会损害中小股东的利益，并且使得即使是大股东，他们的利益也得不到保证。
（三） 代理人（企业家）缺位