作为一家新成立的公司，或者公司实行组织变革时，不可避免地会有组织机构的设置问题，当前企业在组织机构设置上常常有以下一些问题，予以列出，以便改进。

一、组织机构的设置与组织目标不一致
　　比如一家以销售为主业的公司，总共设置了十几个平行的部门，但以销售为主业的只有两个部门，但却有近十个非主营业务的管理部门，非主营业务部门所占管理人数近80%，还美其名曰为：支持部门。实际上没有突出自己的核心主营业务，相互攀比等不良毛病由此而生。

二、组织机构设置时求大求全，未考虑企业是否真正地需要。
　　实行拿来主义，看见同类企业有什么部门或者岗位，自己也全盘照搬，公司只有十几个人也设立一个人力资源部，公司只有两三个业务员，上面也放一个销售总监。总裁呀什么的名称随便乱设。

三、部门岗位设置时未充分考虑到部门所应承担的职能
　　部门的职能是靠自己部门内部的管理模块来实现的，具体来讲是通过管理岗位这个载体来实现的，但在设置岗位时往往因人设岗，或者因事设岗，没有考虑到这个部门真正的职能。比如一家倡导以服务为品牌的公司，在自己的业务主导部门中看不到一个关于服务方面的岗位，倒是设置什么销售计划、销售结算等等岗位，实在有违初衷。

四、各级组织层次定位不明确，没有规划出不同管理层次不同的管理使命
　　这一点是组织结构设计者最大的悲哀，没有明确提出不同管理层次的使命，不然朱总司令拿着驳壳枪上前线打鬼子，那就麻烦大了。错位、越位、缺位的形成很大一部份是由于设计者的罪过了。正如那些时不时在大街上挖掘后埋什么管道，过一段时间又挖，一点位置感都没有。

五、组织结构设计时过分注重专业化的设置，没有考虑到横向沟通的困难
　　一个公司如果过多的强调管理专业化，均排成一纵、二纵、三纵什么的，而横向的沟通部门却强调较少，只有上下，而无左右那也是任何一家企业所不愿意看到的事情。